Der Rat der Jungen Akademie ist ein die Mitglieder und das Präsidium beratendes Gremium und dient der Vernetzung der Jungen Akademie in die Wissenschaft, in die Künste und in die Gesellschaft. Die bis zu sieben Ratsmitglieder werden für drei Jahre ernannt und kommen aus unterschiedlichen wissenschaftlichen, aber auch künstlerischen Disziplinen sowie anderen Bereichen der Gesellschaft, des Wissenschaftsmanagements oder der Wissenschaftspolitik. Dabei werden regelmäßig auch Alumnae der Jungen Akademie berufen.

Ratsmitglieder sollen Anstöße, sowie Kritik, Ideen und Unterstützung einbringen und die Mitglieder dabei unterstützen, unentdeckte Schnittstellen zwischen Wissenschaft und Gesellschaft, Politik, Kunst und Kultur aufzuspüren. Dabei geht es nicht um Aufsicht oder gar Kontrolle der Arbeit, sondern um den Austausch mit einer Gruppe von unabhängigen Denker*innen, Persönlichkeiten aus der Wissenschaft und gesellschaftskritischen Berater*innen, die sich mindestens einmal jährlich mit Mitgliedern der Jungen Akademie treffen.