Die Geschäftsstelle der Jungen Akademie befindet sich am Sitz der Berlin-Brandenburgischen Akademie der Wissenschaften im Zentrum von Berlin. Ihre hauptamtlichen Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter leisten praktische Unterstützung bei der inhaltlichen Arbeit der Akademiemitglieder und übernehmen Verwaltungs- und Organisationsaufgaben im Hintergrund. So sind sie sowohl für die Mitglieder der Jungen Akademie wie auch für das allgemeine Publikum in der Regel die erste Anlaufstelle.